现任馆领导：
馆长：张大庆 （邮箱：zhangdq@bjmu.edu.cn 办公电话：010-82801733）
副馆长/支部书记：王金玲 （邮箱：wangjl@bjmu.edu.cn 办公电话：010-82801231）
副馆长：李 维 （邮箱：li_wei@bjmu.edu.cn 办公电话：010-82801326）
馆长助理：张燕蕾 （邮箱：zhangyanlei@bjmu.edu.cn 办公电话：010-82801268）
附设机构：
CALIS全国医学文献信息中心
教育部北京大学医学部外国教材中心
北京大学医学信息咨询中心
部门概况:
| 部门名称 | 主任 | 办公电话 | 邮箱 | 主要职责 | 办公地点 |
| 综合办公室 | 张燕蕾 | 010-82801268 | zhangyanlei@bjmu.edu.cn | 协助馆长处理各类综合业务，读者咨询、阅读推广、特藏建设、新生教学、学科建设 | 逸夫楼110 |
| 系 统 部 | 殷蜀梅 | 010-82801751 | yinsm@bjmu.edu.cn | 系统开发和维护，网站设计、制作和维护，机构知识库建设 | 逸夫楼111 |
| 采访编目部 | 翁蕾鸣 | 010-82802268 | wenglm@bjmu.edu.cn | 书刊采购、编目，读者荐购、学位论文、外教中心 | 跃进厅四层中厅 |
| 参考咨询部 | 周志超 | 010-82805575 | zhouzc1987@bjmu.edu.cn | 教学、查新、学科服务 | 逸夫楼111 |
| 流通阅览部 | 管 同 | 010-82801000 | gtyhj2526@hotmail.com | 中外文书刊阅览、通借通还、自助服务咨询、导读 | 跃进厅四层中厅 |